Функционалноста на системот за јавни набавки во исклучително голема мера зависи од институционалната поставеност. Онаа институција која во системот за јавни набавки има клична улога, тоа е Бирото за јавни набавки (БЈН). Согласно закон, Бирото за јавни набавки е орган на државната управа во состав на Министерството за финансии (МФ) и врши активности поврзани со развојот на системот на јавни набавки и обезбедување рационалност, ефикасност и транспарентност во спроведувањето на јавните набавки. Покрај Бирото за јавни набавки, системот на јавни набавки вклучува голем број останати институционални чинители кои придонесуваат за негово ефикасно функционирање меѓу кои:
- Државна комисија за жалби по јавни набавки (ДКЖЈН) е независен државен орган со својство на правно лице, одговорен за законитоста на дејствијата и пропуштањата за преземање дејствија, како и на одлуките како поединечни правни акти донесени во постапките над и под праговите на ЕУ. Одлуките на ДКЖЈН може да се оспорат пред Управниот суд.
- Министерство за финансии (МФ) е орган на државната управа, кој предлага прописи во областа на јавните набавки (иако БЈН ја има водечката улога во практичната подготовка на прописите, МФ е овластен предлагач пред Владата на Република Северна Македонија) и е одговорен за системот на јавна внатрешна финансиска контрола.
- Министерство за економија (МE) е надлежна институција во областа на јавното – приватно партнерство и концесии, со улога да управува со развојот на системот за јавно – приватно партнерство преку подготовка на предлози за донесување законски и други акти во областa, следење, анализирање и обезбедување стручна помош и мислење во однос на водењето на постапките.
- Државен завод за ревизија (ДЗР) е врховна ревизорска институција, со надлежност за навремено и објективно известување на Собранието, Владата и другите носители на јавни функции за наодите од спроведените ревизии. Според ЗЈН, ДЗР врши ревизија на користењето и трошењето средства за јавни набавки од страна на ДО. ДЗР спроведува ревизија на регуларност и ревизија на успешност. Кога се врши ревизија на регуларност, меѓу другото, ревизорските тимови го проверуваат и оценуваат користењето на средствата во согласност со законските прописи. Во овие рамки се врши ревизија на начинот на планирање, спроведување на постапките за јавни набавки и нивната реализација во годината предмет на ревизија.
- Државна комисија за спречување на корупција (ДКСК) има истовремена надлежност и во однос на превенцијата и во однос на сузбивање на социјално штетно однесување. Во извршувањето на своите овластувања, ДКСК вложува дополнителни напори за меѓуинституционална соработка како средство за брза размена на информации и документи. БЈН е една од 17-те институции што го потпишаа Протоколот за соработка во рамка на споменатата соработка.
- Комисија за заштита на конкуренција (КЗК) е независен државен орган со својство на правно лице одговорно за спроведување на Законот за заштита на конкуренцијата.
- Управниот суд на Република Северна Македонија е надлежен да постапува по тужби поднесени од странки кои не се задоволни од одлуките на ДКЖЈН. Со оглед на оваа посебна надлежност, институцијата е од големо значење во однос на правната заштита во постапката за доделување на договори за јавни набавки.
Институционалната поставеност на системот за јавни набавки е детално опишана во „Стратегија за унапредување на системот за јавни набавки во Република Северна Македонија за периодот 2022 – 2026 година“ донесена од страна на Бирото за јавни набавки.